分子配列とは、薄膜や固体中において分子がどのように並んでいるかを指す用語である。分子の集合体の機能発現に影響を及ぼす。例えば、植物などの光合成の反応中心では、様々な分子間の効率的な電子移動反応を利用して光エネルギーから化学合成を実現している。これらの機能で重要なことは、分子が単独で示す機能ではなく、複数の分子が集合体となってはじめてあらわれる機能である。従って、分子と分子の間の様々なやりとりが重要であり、分子同士がどのように配列するかに強い影響を受ける。有機結晶中での分子の並び方は、一つ一つの分子の形状や隣り合う分子との相互作用などで決まる。分子の端（edge）が隣の分子の面（face）と接するような edge-to-face 配列や、隣り合う分子どうしの分子面が重なり合った face-to-face 配列などがある。