水と親和性のない化学構造同士の間に作用する力を、その構造間の結合と表現して疎水結合と呼ぶ。ただし明確な結合ではなく、水になじまない部分同士が親水性の分子環境からはみ出して重なり合うことにより、相対的に安定化した状態と考えられる。具体的には、有機物のうちで、炭化水素鎖 (－CH2－)nやベンゼン環 (C6H6) のように炭素と水素の組合せから成る部分は疎水的であるため、それらの間には疎水結合が生じやすい。